EMÜ loomakliiniku näol on tegemist vana ja väärika asutusega, Eesti vanima loomakliinikuga.

Loomakliiniku algusajaks loeme 1. oktoobrit 1848, kui tollal Tartu Ülikooli peahoone kõrval paiknenud kliinikus võeti vastu esimene patsient. Selleks oli härra von Knorringu üheaastane täkksälg, kellel diagnoositi tagajala kabjapainutajate haav. Lisamärkusena on üles tähendatud, et haav on parandatav ja sellega oli edukas algus kliinikule tehtud.

Kliiniku järgmises asukohas Narva maanteel valmis aastal 1888 esimene spetsiaalselt selleks tarbeks ehitatud loomakliiniku hoone. Ajapikku jäid ka südalinna lähedal paiknevad hooned kliinikule väikseks ja aastal 1992 koliti linna serva Kreutzwaldi tänavale. Suur- ja väikeloomadele rajati eraldi kliinikud.

2004. aastal laiendati ja kaasajastati oluliselt nii suur- kui väikeloomakliinikut.